合作企业被管控后开票存在以下特殊情况，会影响处理方式。
1. 企业被“善意管控”（如配合调查但未被处罚）：若合作企业因协助经济案调查被临时管控，但税务登记仍正常、无违法记录，且交易真实，可正常开票，但需留存税务机关出具的管控说明，以备后续核查；
2. 企业被“部分管控”（如仅冻结非税务账户）：若合作企业仅被冻结基本账户，但一般账户可正常使用，且开票系统未被限制，可通过一般账户缴纳税款并开票，但需确认税款缴纳路径是否合规；
3. 善意取得异常发票：若我方不知合作企业被管控，且尽到合理审查义务（如核对合同、发货单），取得的发票因对方问题被列为异常，可依据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票处理问题的通知》，向税务机关申请不予处罚，但需提供充分证据证明“善意取得”。
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合作企业被管控后开票易出现以下错误操作，需特别注意。
1. 接受无真实交易的发票：因合作企业被管控无法供货，仍接受其开具的发票用于抵扣，此行为属于虚开发票，违反《发票管理办法》；
2. 使用失控发票：明知合作企业的发票已被税务机关列为“失控发票”，仍继续使用并申报抵扣，将面临补缴税款、罚款的风险；
3. 代开发票未核实资质：让合作企业找第三方代开发票，未核实第三方是否具备开票资格及交易真实性，可能导致发票无效。
若已出现上述错误，或对操作合规性存疑，建议及时向律师咨询补救措施。
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合作企业被管控后开票可能面临以下法律风险，需警惕。
1. 虚开发票刑事责任风险：若合作企业为掩盖经济案问题，虚开与实际交易不符的发票，我方作为受票方，若未核实交易真实性，可能被认定为“虚开发票罪共犯”。例如：合作企业因合同诈骗被管控，仍向我方开具远超实际供货量的发票，我方未审核直接抵扣，税务机关查实后，可能移送公安机关追究刑事责任；
2. 税务信用降级风险：若接受的发票被认定为异常发票（如失控、虚开），我方税务信用等级可能被降级，影响后续发票领用、出口退税等业务。例如：合作企业被管控后开票系统被锁，我方持有的其开具的发票被标记为“异常凭证”，税务机关要求我方转出进项税，若未及时处理，信用等级将从A级降为B级。
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关于合作企业被管控后开票的合法性，可依据《税收征收管理法》及相关规定分析。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条：“税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。”若合作企业因经济案被管控导致税务登记异常（如被列为风险纳税人），税务机关可依据《发票管理办法》第二十二条暂停其发票领用和开具权限；若企业存在虚开发票等违法情形，税务机关将依法收缴发票并追究责任。综上，企业被管控后开票是否合法，核心在于税务登记状态及交易真实性，若状态异常或交易虚假，开票行为将违反上述法律规定。

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