工资单和实发工资不一样时，申请仲裁索要差额可能存在以下法律风险：
1. 证据链不完整风险：例如，您仅提供工资单复印件，未提供银行流水或劳动合同佐证，仲裁委可能因证据不足不支持您的请求。
2. 时效经过风险：假设您2022年1月发现工资差额，但2023年2月才申请仲裁，已超过1年时效，用人单位若提出时效抗辩，您的请求可能被驳回。
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工资单和实发工资不一样时，申请仲裁索要差额的法律依据主要来自《劳动法》和《劳动争议调解仲裁法》。
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 若工资单与实发工资存在差额，且用人单位无合法理由克扣，即违反该条款。同时，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条第五项明确，因劳动报酬发生的争议属于劳动仲裁受案范围。您的情况属于“劳动报酬”争议，符合仲裁受理条件。结合上述法律，您有权要求用人单位支付工资差额，仲裁委应依法支持您的合理请求。
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针对工资单和实发工资不一样的情况，您可以通过劳动仲裁索要差额。
您应先与用人单位沟通，沟通无果后向劳动仲裁委员会申请仲裁。

1. 若存在书面劳动合同明确约定工资标准的情况：以合同约定的工资为基准，对比工资单与实发工资的差额，计算应补发金额。
2. 若工资差异由绩效、奖金等浮动部分未足额发放导致：需收集绩效计算依据、奖金发放规则等证据，证明浮动部分的应发金额。
3. 若用人单位以“扣除费用”为由减少实发工资：需确认扣除是否符合法律规定（如社保、个税），若为无故扣除，可主张全额补发。
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工资单和实发工资不一样时，以下特殊情况会影响仲裁处理：
1. 用人单位破产或注销：若用人单位已进入破产程序，您需向破产管理人申报债权，仲裁程序可能中止，差额支付需按破产财产分配顺序处理。
2. 工资差额由双方口头约定导致：若工资标准仅为口头约定，您需提供录音、证人证言等证据证明约定内容，否则仲裁委可能难以认定差额存在。
3. 劳动者存在过错：若用人单位因您违反公司制度扣除工资，且扣除符合法律规定（如造成经济损失），您的差额请求可能不被支持。

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