您询问的“单位上夜班上两天休一天有工资吗”这一问题，核心是判断工作时间是否符合法律规定及工资支付义务。以下为您详细分析不同情况：
上夜班上两天休一天的工作模式中，正常工作时间内的部分用人单位必须支付工资，超出法定标准的时间可能涉及加班工资。
1. 若该工作模式的月平均工作时间未超过法定标准（每日不超8小时、每周不超44小时）：用人单位需按劳动合同约定的工资标准，支付正常工作时间的工资，夜班本身不影响工资的基本支付义务，但双方另有约定夜班津贴的需额外支付。
2. 若该工作模式的月平均工作时间超出法定标准：超出部分属于加班，用人单位需按《劳动法》第四十四条支付加班费，如延长工作时间的按1.5倍工资、休息日加班未补休的按2倍工资、法定节假日加班的按3倍工资支付。
3. 若用人单位与劳动者约定了以“上两天休一天”为周期的综合计算工时工作制（需经劳动部门审批）：周期内总工作时间未超法定标准的，按正常工资支付；超出部分按1.5倍工资支付（法定节假日加班仍按3倍）。
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针对“上夜班上两天休一天是否有工资”的直接回复，可依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定进行法律适用分析：
《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”
在“上两天休一天”的夜班模式中，首先需核算月均工作时间是否超过法定标准（每周44小时）：若未超过，用人单位需支付正常工资；若超过，超出的延长工作时间按1.5倍支付，休息日加班未补休的按2倍支付，法定节假日加班的按3倍支付。夜班本身不免除工资支付义务，若双方约定夜班津贴，用人单位还需额外支付。综上，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就必须支付工资，加班部分需依法支付加班费。
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“上夜班上两天休一天”的工资问题中，劳动者可能面临以下法律风险，需提前防范：
1. 工资支付不足的经济损失风险：例如，某单位实行上两天休一天的夜班制度，每月实际工作时间为20天（每天8小时），已超过法定月均176小时（44小时/周×4周），但单位仅按正常工资支付，未支付延长工作时间的1.5倍加班费，导致劳动者每月损失数百元的加班工资，长期下来经济损失较大。
2. 证据链不完整的维权失败风险：例如，劳动者主张夜班加班工资，但仅能提供同事证言，无法提供考勤记录、工资条等书面证据，用人单位否认加班事实，劳动仲裁委可能因证据不足驳回劳动者的仲裁请求，导致维权失败。
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“上夜班上两天休一天”的工资问题处理中，存在一些特殊情况会影响结果，需特别注意：
1. 用人单位已申请综合计算工时工作制：若单位经劳动部门审批，对夜班岗位实行以“上两天休一天”为周期的综合计算工时工作制，周期内总工作时间未超法定标准的，按正常工资支付；超出部分按1.5倍支付，但休息日加班不再单独按2倍支付，仅法定节假日加班按3倍支付，这会改变加班费的计算方式。
2. 劳动合同约定了包薪制：若劳动合同明确约定“上两天休一天的夜班工资包含所有加班工资”，且约定的工资标准不低于当地最低工资标准，用人单位可能以此为由拒绝额外支付加班工资，但需确保包薪制的约定符合法律规定，否则仍需补足差额。
3. 夜班岗位属于不定时工作制（需审批）：若单位对夜班岗位申请了不定时工作制，劳动者无法主张延长工作时间的加班费，但法定节假日加班仍需支付3倍工资，这会直接影响加班工资的主张范围。

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